本校始於一九四五年九月,名為聖保羅男女學校附屬幼稚園;一九四九年九月易名為聖保羅私立幼稚園,一九五三年九月才易名為聖公會幼稚園(校址位於香港中環己連拿利)。
一九七五年九月於香港畢拉山金文泰道聖腓力小學校舍開辦分校,名為聖公會幼稚園(畢拉山)。
二零一二年九月,兩校遷出原址往香港銅鑼灣東院道七號聖光堂為臨時校舍,以「承先啟後,以小為尊」的發展目標,展開循序漸進和分階段性合併。至二零一四年九月,兩校正式合併成一所學校,名為聖公會幼稚園,繼續發揮「非以役人,乃役於人」的基督精神,為幼兒提供優質的全人教育,讓幼兒在基督的愛中學習和成長。